以鑒代審
在知識產權訴訟中，法官由於缺乏對技術問題判斷的必要能力，對於專門性的問題即難以認定的事實問題一般委託相關鑒定機構予以鑒別。諸如兩個卡通人物的設計是否構成相同或相似；權利人所主張的商業秘密是否為公眾所知悉；雙方當事人的技術信息是否構成相同或實質相似。尤其在處理專利技術糾紛案件，涉及較為複雜的技術知識和專業背景，司法鑒定的適用更為頻繁。
然而，在實踐中卻出現法院對鑒定結論的疏於審查、審查流於形式，甚至出現“以鑒代審”的現象。諸如僅僅要求鑒定結論形式要件上的合法性，而對其實質要件，即鑒定報告依據的事實材料的真實性、推理過程的科學性，法院在具體審理過程中鮮有提及，對鑒定結論的質證一般都走過場。在楊長安與上海宜蘭汽車配件製造有限公司等專利侵權糾紛案中 ，原告擁有一項實用新型專利權，依原告申請請求一審法院委託鑒定，鑒定結論為被控侵權產品的技術方案覆蓋了原告實用新型專利權的全部技術特徵，一審法院並未對鑒定結論展開充分質證，直接依據該份鑒定報告，認定該案專利侵權指控成立。而在二審審理期間，法院對於核心技術事實重新認定，結合原告在無效宣告程式中的相關陳述，論證涉案專利某一項技術特徵與對應技術特徵既不相同也不等同，從而否定該份鑒定報告。
究其原因，一方面法官缺乏相關專業知識，難以識別一方當事人提出的異議與鑒定人員作出的辯解是否得當，例如一方當事人主張涉案專利某技術特徵與被控侵權產品對應技術特徵構成等同，而司法鑒定人員卻主張不同意見，司法人員單純憑藉法律知識往往難以形成內心確認；另一方面，也存在其利用鑒定結論規避自身審判風險的心理因素。倘若將來判決因事實認定模糊不清受到質疑甚至被撤銷，在錯案追究時，由於事實認定的直接依據來源於鑒定結論，法官可以將主要責任推託於鑒定結論的不當。在此種心態的支配下，法官對於鑒定結論的審查自然而然會流於形式，更有甚者，限制或剝奪雙方當事人對鑒定意見的充分質證的權利。
在知識產權訴訟中，司法鑒定內容往往涉及案件最為核心的部分，對於法官認定當事人是否構成侵權，形成內心確認有相當大的作用，因此雙方當事人相當關注鑒定意見利害與否。正因為如此，當前出現的“以鑒代審”值得引起我們重視，一方面訴訟參與人可能借機尋租。在當事人看來，既然法院如此依賴鑒定機構出具的鑒定結論，毫無疑問會不遺餘力、想方設法地尋求有利於己方的鑒定結論；在鑒定機構看來，自己掌握著雙方當事人的“生死大權”，哪方當事人能提供額外所得，鑒定結論就向哪一方傾斜。另一方面異化司法審判職能，對於知識產權案件中本屬於法官認定的法律事實，鑒定機構越俎代庖，無異于將法官的審判權事實上交予鑒定機構行使，司法審判活動將難以保證其公正性和獨立性，法官被鑒定機構牽著鼻子走、淪為牽線木偶，法院成為鑒定機構尋租的樂園，司法公信力也將蕩然無存。
之所以出現“以鑒代審”的現象，除開法官自身專業素養的問題，關鍵在於其規避審判風險的心理要素。同時，鑒定結論並不是訴訟前形成的證據，是訴訟過程中委託鑒定機構結合其他證據材料作出的綜合性判斷，經常出現或大或小的瑕疵。最高法院《關於民事訴訟證據的若干規定》第47條規定，未經質證的證據，不能作為定案的依據。 第59條規定鑒定人應當出庭接受當事人質詢。因此，應當明確鑒定結論必須經過庭審質證環節才能確定其證據效力，未經庭審質證的鑒定意見不能作為認定事實的依據，更不能直接作為裁判的理由，也不能作為法官的參照材料。質證環節作為認定案件事實的關鍵步驟，旨在輔助法官判斷該鑒定結論有無證明力和證明力的大小。
其次，在強調鑒定結論必須予以質證的同時，也應當注意該質證不能流於形式。不僅應當考量檢材是否客觀真實、鑒定程序是否合理和鑒定人員是否適格、判斷和表述是否準確等問題，而且應圍繞鑒定結論及其具體推理過程的客觀性和科學性、鑒定手段與方法是否符合標準展開實質質證，讓鑒定人對其鑒定的依據以及得出鑒定結論的過程做出解釋，對於厘清技術問題和明確專業焦點有非常重要的作用。對於法官抑或當事人自身知識技能的局限問題，可以通過專家輔助人制度彌補這一缺陷，這也是最高法院確立該項制度的初衷之一。
最後，鑒定結論僅僅作為認定案件事實的證據之一，不是唯一的證據，必須與其他證據相互印證，綜合分析。在馬全明與上海浦東金屬穿孔廠專利侵權糾紛上訴案中 ，該案的鑒定報告認定被控侵權設備的技術特徵覆蓋了涉案專利技術方案的全部技術特徵。由於該報告是根據原告提交給法院的數張照片結合及其他證據作出的，法院在判斷該鑒定意見的證明力時，將原告提交的照片與在金屬穿孔廠實地勘查時採獲的照片相互核對，判斷照片是否全面客觀反映訴爭設備的結構，才最終作出侵權認定。在具體案件審理過程中，司法人員一旦發現鑒定結論與其他合法證據相衝突，倘若無法排除其他證據的真實性，那麼必須重新予以鑒定。