根據民事訴訟法的規定，司法鑒定的啟動主體主要為人民法院，對於當事人是否享有司法鑒定的啟動權，由《最高人民法院關於民事訴訟證據的若干規定》第28條規定可知，法律並不禁止當事人單方委託鑒定。主要觀點認為，鑒定結論作為法定證據的一種，在訴訟程序中當事人需要通過搜集證據履行舉證責任，當事人應當享有鑒定的啟動權，通過啟動鑒定搜集鑒定意見以證明其主張。然而，無論是在專利技術司法鑒定實務中，抑或是其他知識產權司法鑒定，實際情況卻達不到預想的效果。司法實務中能夠獲得法院採信的，絕大多數都為法院委託的鑒定，當事人單方委託的鑒定幾乎沒有獲得法院採信，能夠影響法院判決的更是寥寥無幾。之所以出現如此反差，原因在於：
1．檢材難以確定其真實性
單方委託鑒定所送檢的材料並未經過雙方當事人質證與核對，在專利技術司法鑒定中，難以確保比對物件是否為真實的專利技術方案和被控侵權產品；在文字作品比對鑒定中，難以驗證作品與被控侵權物的真實與否；同樣，在技術秘密比對鑒定中，權利人和被控侵權人雙方技術方案的真實性有待核實。因此法院審理時，經常出現對方當事人對檢材提出異議進而申請重新鑒定，在上海長江服裝機械廠與鄭根仁專利侵權糾紛上訴案中 ，法院認為該鑒定系原告單方委託的，鑒定材料未經雙方當事人質證與核對，而被告又提出不予認可，因此法院認定該鑒定意見並非合法有效的證據，不予採信。
2．鑒定人和委託人可能存在利害關係
鑒定機構和鑒定人員的自行選擇，可能出現選定的鑒定人與委託人之間存在利害關係，雖然《司法鑒定程序通則》有規定自行回避和申請回避，然而，鑒定人通常不會提出自行回避，而對方當事人也難以瞭解個中緣由，找不到可以申請回避的客觀證據，因此抱著對相對方委託鑒定結論的懷疑，極力主張法院對外委託鑒定、協商確定鑒定機構。
3．鑒定結論難以保證其中立性
基於經濟利益的驅動，受委託的鑒定機構勢必更偏向于委託方提交的材料，而對相對方的不夠重視，鑒定結論在整體上也傾向于委託方想要的結論，而對方當事人通常得等到雙方交換證據時才知道該鑒定意見的存在，完全無法參與到先前的鑒定過程。同時，即使當前的鑒定結論不利於委託方，當事人也會多方送檢，想方設法取得有利的鑒定結論，之後向法院提交的也只是有利於己方的鑒定報告而規避不利的證據。
4．鑒定人出庭率低
《最高人民法院關於民事訴訟證據的若干規定》第59條規定鑒定人應當出庭接受當事人質詢。鑒定人出庭接受質詢，對其鑒定的依據以及得出鑒定結論的過程做出解釋，對於厘清技術問題和明確專業焦點有非常重要的作用。然而，在司法實務中，一方面，鑒定人因害怕擔責或牽連，不願出庭或不敢出庭，出庭意識淡薄。在家族株式會社訴上海新華聯大廈有限公司等專利侵權糾紛案中 ，法院認為該鑒定報告為原告單方委託，且鑒定人員並沒有出庭接受雙方當事人的質詢，因而不予採信；另一方面，法官也很少按照該條司法解釋要求鑒定人出庭接受質詢，認為鑒定人即使出庭意義也不大，因為當事人對鑒定人的詢問涉及實質性問題的比較少，這也導致對於鑒定結論的採信出現隨意性，鑒定結論該有證據作用得不到發揮。
由於民事訴訟中單方委託鑒定的程序不規範、法律定位不清，導致其在知識產權司法鑒定尤其專利侵權訴訟的適用餘地過於局限，上述問題對鑒定的品質和訴訟的效率造成很大影響，亟待解決。
完善單方委託鑒定制度
首先，規範單方委託鑒定程序。單方委託鑒定結論之所以採信率低，部分原因在於缺乏對方當事人的參與，提高對方當事人在單方委託鑒定程式中的參與度，以保證其公開性和公正性。一方當事人在自行委託鑒定時應當告知對方當事人，一方面便於共同送檢，另一方面雙方當事人可以協商確定鑒定機構，即使協商不成，通知對方當事人到場以便其後對相關鑒定過程提出異議。
其次，雖然法律規定了鑒定人有出庭接受詢問的義務，但是缺乏違反該義務的懲罰措施以及相應的保障措施，完善鑒定人的出庭制度應當從三個方面入手，第一，明確鑒定人應當接受質詢，對於違反出庭義務的人應當採取拘傳、退還鑒定費用、罰款等懲罰措施，以解決不願出庭的問題。第二，對於配合質詢出庭的鑒定人，應當享有經濟補償的權利。鑒定人有權對因出庭而造成的交通食宿費和誤工損失費用向法院申請國家補償。第三，無論是接受詢問前或者接受詢問後，鑒定人及其近親屬的人身安全應當得到保障，防止其受到威脅、恐嚇或者打擊報復，以解決不敢出庭的問題。
再次，建立鑒定人責任追究制度。單方委託司法鑒定往往會受到委託人的不當的引導，以做出有利於委託人的結論，這就要求鑒定人應當具有更多的注意義務。倘若基於明顯的錯誤、重大過失或者故意而導致的鑒定結論有誤，鑒定人應當承擔相應的責任，如取消鑒定人資格、退還鑒定費用、賠償當事人損失等。
最後，明確單方鑒定結論的證據效力。有學者提出，單方委託鑒定由於缺乏中立性和客觀性，最終得出的結論往往是基於當事人的需要而非公正的要求，因此主張不承認單方鑒定結論的證據效力。筆者認為，影響鑒定結論證據效力的因素主要在於鑒定機構與鑒定人的選定問題、鑒定程序的合法問題、鑒定方式與標準是否科學等問題，上述問題皆可以通過規範鑒定程序、完善鑒定制度來解決。因此，無論是司法機關委託的鑒定抑或是當事人自行委託的鑒定，二者的用意皆在於借助技術人員的專業知識客觀反映事實爭議焦點，厘清技術糾紛，只要該結論符合合法性、關聯性、客觀性，就應當認可其證據效力。
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